El Hospital fue manejado por las hermanas de la comunidad Vicentina, entre quienes se encontraba Sor Emilia Silva, considerada la primera Anestesista que ejerció en el Hospital.
En 1950 el Doctor Santiago Londoño dono el primer equipo para radioterapia a la institución.
En diciembre de 1975 se crea la Unidad Regional de Salud Pereira, con sede en el Hospital San Jorge.
En octubre 30 de 1978 el ministerio mediante la resolución 010100, por considerar que esta institución constituía el centro de referencia de más alta tecnología en la región y desarrollaba programas de educación superior en el área de ciencias de la salud, le dio la categoría de Hospital Universitario.
En 1979, con los recursos de la venta de un lote, el concejo aprueba una partida para ampliar la capacidad hospitalaria, con adecuación y dotación del Departamento de Pediatría. En este mismo año se presenta un sismo de gran magnitud que lesiona estructuralmente la construcción del hospital, razón por la cual se acomete el reforzamiento estructural, el cual inicia el mismo mes y culmina en 1985.
En octubre de 1986, se inician las gestiones tendientes a establecer una seccional de asociación SANAR en el Departamento de Risaralda, los cuales se establecen en marzo de 1987, instalando la sala de Oncológica Pediátrica. En octubre de 1989 el Ministerio de Salud concede la personería jurídica para SANAR seccional Pereira, completando las acciones del medico Pediatra del servicio y un grupo de voluntarios interesados en la atención adecuada y oportuna de los pacientes pediátricos con cáncer.
En octubre de 1990, Minsalud lo clasifica en el nivel lll de complejidad.
En 1993 en el acta 001 de diciembre 31, suscrita por el Gobernador y el Alcalde de Pereira, se transformo en una entidad descentralizada indirecta de segundo grado del tipo de las sociedades entre entidades públicas, denominada Hospital Universitario San Jorge.
En 1994 el 4 de mayo con la resolución 0537 la Gobernación del Risaralda le reconoce la personería jurídica.
En 1995 se presenta otro sismo de gran magnitud el cual pone a prueba el plan hospitalario de Emergencias, con buenos resultados institucionales, la afectación fue en mampostería. En este mismo año mediante acta 001 de marzo 29 de 1995, suscrita por el Gobernador y el Alcalde de Pereira, se convirtió a la entidad en Empresa Social del Estado (E.S.E), tal como lo ordeno la ley 100 de 1993, reglamentado por el decreto 1879 de 1994.
En 1996 se consigue un equipo de radioterapia theraton phoenix cobal 60.
En 1998 se presenta una grave crisis financiera que tuvo al borde del cierre el Hospital, la cual fue superada parcialmente.
En enero de 1999, se presenta otro sismo de gran magnitud, con severa afectación en el eje cafetero en su población y construcciones. El Hospital San Jorge fue centro de referencia de los pacientes del Quindío, Caldas, norte del valle, los daños en el Hospital Universitario San Jorge fueron en mampostería.
En diciembre de 1999 se llevo a cabo una reestructuración de personal que comprendía personal directivo y personal auxiliar de enfermería, principalmente con fines de saneamiento financiero.
En el 2001 el Hospital Universitario San Jorge es invitado a participar como una de las instituciones líderes, por su buen desempeño asistencial y financiero entre las empresas de salud para definir los parámetros de calidad para la Acreditación de Salud en Colombia.
En el 2003 se tramita y consigue recursos para actualizar el equipamiento de la UCI Recién Nacidos.
A finales del 2004 e inicios del 2005, se hace reestructuración del personal del Hospital Universitario San Jorge.
En el 2005 se realiza reequipamiento de la UCI Adultos.
En el 2006, se efectúa la remodelación de los servicios de Hospitalización de Medicina Interna y Quirófanos y, fue iniciada en Gineco obstetricia y recién Nacidos, en este año fue aprobada la construcción del nuevo bloque de Urgencias.
EL 20 de Diciembre de 2007 se inaugura la nueva Central de Urgencias, la cual cumple con los más altos estándares de calidad y fue dotada con equipos de última tecnología.
Durante los días 29 al 31 de enero del 2008, se realizó inspección por la Superintendencia Nacional de Salud, dando reconocimiento a la gestión realizada por la E.S.E Hospital Universitario San Jorge, sobre el desarrollo del Sistema Obligatorio de Garantía de Calidad.